A história do Sonic

A história dos dois jogos é idêntica. Alguns anos após Sonic e Knuckles terem derrotado Eggman na Death Egg, a cidade de Station Square é ameaçada por uma besta, o Chaos, que se alimenta das esmeraldas do caos, e cada uma o torna maior e mais perigoso. O Dr. Eggman, sabendo disso, vai em busca das 7 esmeraldas para destruir, com a ajuda de Chaos, a Station Square e construir em suas ruinas, a Robotnikland. Cabe aos heróis do jogo, que são as personagens jogáveis, conseguir as esmeraldas antes do cientista do mal.

O jogo é formado por seis personagens, cada uma com a sua história, mas que se entrelaçam entre si. São eles: Sonic the Hedgehog, Tails,Knuckles, Amy Rose, Big the Cat e E-102 Gamma.

No início só é possível jogar com o Sonic, mas à medida que o jogo vai avançando, os outros personagens aparecem na história, e torna-se possível jogar com eles. Cada um dos personagens tem uma missão e um final diferente. O Sonic e o Tails, tentam conseguir as esmeraldas do Caos, procurando-as pela Station Square e a Mystic Ruins, que é a zona de floresta do jogo. Knuckles tenta recuperar os vários pedaços em que a Master Emerald se partiu, por causa de Chaos, fazendo a ilha flutuante (Angel Island) cair no oceano.

Amy tenta fugir de um robô de Eggman, o ZERO (aka. E-100 Alpha); e ajudar um passarinho, que se tornou seu amigo, a encontrar sua família. Big é um gato que gosta de pescar, e tenta encontrar seu amigo Froggy, um sapo. Finalmente, o E-102 é um robô do Eggman, que se torna bom e tem como missão "libertar" seus robôs irmãos.

E-102 Gamma era da família do passarinho que a Amy estava ajudando. Este último passarinho e o Froggy, são importantes no jogo pois ambos engoliram uma esmeralda do caos. Depois de terminar o jogo com os seis personagens, pode-se jogar com o Super Sonic.

Houve ainda uma história paralela relatando uma civilização, a dos Equidnas, que queria as esmeraldas por causa do seu poder. Tikal, a filha de Pachacamac, líder equidna, tentou impedir. Contudo, foi em vão. Pachacamac ordenou seus soldados avançarem até as Chaos Emeralds, ignorando Tikal e os chaos no caminho (e ferindo-os gravemente). Isso causou a fúria de Chaos, que surgiu diante de Pachacamac e seus soldados, e usando o poder das Chaos Emeralds, se transformou em Perfect Chaos, destruindo a civilização equidna. Tikal ao recuperar a consciência, usou a Master Emerald para selar Chaos dentro da Master Emerald, mas foi selada junto com ele. O Chaos, que anteriormente havia destruído a civilização dos Equidnas quase na sua totalidade (restando somente as suas ruínas e alguns sobreviventes), depois de tomar a sétima esmeralda, se tranforma no Perfect Chaos, e começa a destruir a Station Square. Tails percebe que Chaos só absorveu o poder negativo das esmeraldas, Sonic, então usa o poder positivo, e se transforma em Super Sonic para destruir Perfect Chaos.

Nesta altura, até o próprio Dr. Eggman que "ajudou" Chaos, vê a sua nave, a Egg Carrier 2, ser destruida pelo monstro por um raio de energia ao tentar detê-lo. Após uma batalha, Super Sonic consegue neutralizar Perfect Chaos, transformando-o em Chaos 0 de novo. Tikal aparece, e convence Perfect Chaos que a humanidade mudou, e que os chaos que ele estava protegendo viveram por gerações e vivem felizes com os humanos. Tikal então, agradece Sonic e seus amigos, e volta com Chaos para o interior da Master Emerald.